জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান এর সাথে প্রিন্স ডঃ মূসা বিন শমসের এর ব্যক্তিগত পরিচয় ১৯৫৪ সাল থেকে। প্রিন্স মূসার শব্দবহুল বাকপটুতা এবং ৬০ এর দশকে তাঁর গতিশীল ভূমিকার ফলে তিনি অতি শীঘ্রই বঙ্গবন্ধুর ঘনিষ্ঠ এবং সবচেয়ে বিশ্বস্ত সঙ্গী হয়ে ওঠেন এবং এরই সাথে ১৯৬৯ এর গণঅভ্যুত্থানে সক্রিয় অংশগ্রহণের মাধ্যমে তাঁর স্নেহের কেন্দ্রবিন্দুতে পরিণত হন। তিনি ১৯৭০ এর বন্যায়ও সমান গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করেন।
১৯৭১ এর কোলাহলপূর্ণ দিনে তাঁর নির্দেশিকা সমসাময়িক অবস্থায় কার্যকরি ভূমিকা পালন করে। মুক্তিযুদ্ধ সংগঠনে তাঁর নেতৃত্বের বিশেষত মূল্যহীন ছিল। কারণ মুক্তিযুদ্ধে তাঁর ভূমিকার একটি নির্দিষ্ট পর্যায়ে পাকিস্তানি হানাদার বাহিনী ২২শে এপ্রিল তাকে গ্রেফতার করে, ২১শে এপ্রিল পাকিস্তান আর্মির ফরিদপুর দখল করার ঠিক এক দিন পর। সেখানে তাঁকে অমানবিক নির্যাতন করা সত্ত্বেও প্রিন্স মূসা মুক্তিযোদ্ধাদের অবস্থান সংক্রান্ত তথ্য প্রকাশ থেকে বিরত থাকেন। ১৯৭১ সালের ৬ ডিসেম্বর তিনি আধমরা অবস্থায় মুক্তি পেয়ে বেড়িয়ে আসেন এবং ফরিদপুর সদর হাসপাতালে ভর্তি হন। আল্লাহ্র অশেষ রহমতে দেশে ও বিদেশে চিকিৎসার ফলে তিনি ধীরে ধীরে সুস্থ হয়ে ওঠেন।
The Father of the Nation Bangabandhu Sheikh Mujibur Rahman and Moosa Bin Shamsher knew each other personally since 1954. But through his fluent oratory and dynamic role in the early 60s, Moosa became a very close and most trusted comrade of Bangabandhu and won his affection alongside his active participation in the mass upurge in 1969, he played an equally important role during the 1970 flood.
His leadership guidance in the tumultuous days of 1971 proved effective in the contemporary situation. His leadership in organizing the liberation war was particularly worth nothing. At a certain stage of his role in the liberation war, the Pakistan occupation forces had arrested him on April 22nd, a day after Pakistan army occupied Faridpur on the 21st of April. In spite of inhumane tortures, Moosa refrained from disclosing information regarding whereabouts of the freedom fighters. On December 9, 1971 he came out of military custody almost half-dead with grave injuries on his body and got admitted to Faridpur Sadar Hospital. With the grace of Almighty Allah and with treatment at home and abroad, he came around.